האגודה הוקמה בשנת 1906 בשכונה נווה-שלום כאגודת ''הראשל'צ-יפו'', אגודה שהתמחותה הייתה בתרבות גוף. מאוחר יותר החלו מספר חברים באגודה לאמץ את חוקי משחק הכדורגל, שהובאו לארץ על ידי אוניות סוחר. בשנת 1910, שנה לאחר היווסדה של העיר העברית הראשונה תל אביב, שינתה האגודה את שמה למכבי תל אביב. מכבי הייתה הקבוצה היהודית הראשונה שהשתתפה במפעל הגביע המקומי, עוד ב-1922.

לפני קום המדינה

שנות ה-60

בשנות ה-60 המוקדמות החלה מסורת "בניית הקבוצה" במכבי ת"א. מסורת זו, הרווחת לעיתים עד היום במועדון, התפתחה כאשר שחקנים מובילים התחילו להזדקן, ודור השחקנים הצעיר היה זקוק עדיין לגיבוש. חוש הריח המפותח לתארים לא נפגם גם בשנים אלו, על אף שהתאפיינו בבינוניות.

עונת 64` היא דוגמא מצוינת. מכבי סיימה במקום החמישי, אחרי שב-63` סיימה במקום השביעי ,אבל בסוף אותה עונה הוסיפה גביע נוסף לארון. היה זה גביע אופייני לעונות כאלו, כזה שהושג בדרך הקשה. שיטת הפנדלים טרם הונהגה, וכשמשחק הסתיים ללא הכרעה אחרי 120 דקות, היה נקבע משחק חוזר. מכבי עלתה לגמר מול הפועל חיפה. את המשחק הראשון סיימה בתיקו אחת אחרי הארכה, ובאותה תוצאה הסתיים גם המשחק השני. רק במשחק השלישי, אחרי הארכה שלישית רצופה במפגשים בין הקבוצות, גברה מכבי 1:2 וזכתה בגביע אחרי 360 דקות מתישות. תואר ראשון לאחר הפוגה בת חמש שנים.

תוצאות עונת הכדורגל 67` הוקפאו על-ידי ההתאחדות, שהחליטה להאריך את הליגה לשנתיים. תוצאות משחקי הגביע קבעו דרבי תל אביב בגמר, לראשונה מזה 26 שנים. המפגש, שהיה בעבר מחזה שכיח ועונתי, ריכז סביבו מתח, עניין ו-20 אלף צופים נלהבים בבלומפילד. במשחק גברה מכבי על הפועל 1:2, משערים של אורי קדמי ורחמים טלבי, וזכתה בגביע נוסף. ההישג היה גדול גם בהתחשב בעובדה כי הפועל זכתה חודשיים קודם בגביע אסיה לקבוצות. כך נקבע שבדרכה לזכייה ה-13 בגביע המדינה, גברה מכבי על אלופת אסיה .

הקפאת הליגות שנקבעה בעקבות מלחמת ששת הימים, שיחקה לטובת מכבי, שזכתה בכתר האליפות ה-12 שלה בסיום העונה הארוכה ביותר בתולדות הכדורגל הישראלי. הייתה זו אליפות מרגשת שהגיעה אחרי עונה של מאבק ארוך ומתיש עם הפועל פ"ת על הכתר, ולאחר 10 שנים עקרות מאליפות. חיים לוין, צבי רוזן, מיקו בלו, גיורא שפיגל, דוד קרקו ורחמים טלבי היו חתומים על ההישג.

על האליפות הספציפית הזו היו חתומים גם חברי הנהלה, ובראשם היו"ר החדש, ג`רי בית הלוי. מי שהיה שחקן ומאמן האגודה במשך שנים ארוכות, נקרא בקיץ 1967 להושיע את המועדון מהמשבר הכלכלי החמור בתולדותיו.

כצעד ראשון החליט בית הלוי כי מכבי חייבת לעזוב את אצטדיון המכביה, עמוס הפרצות, ולעבור לשחק בבלומפילד. מעבר זה הכניס לראשונה לקופת המועדון רווחים נאים ממכירת כרטיסים, דבר שלא קרה באצטדיון המכביה הישן, אליו נהגו רוב האוהדים להיכנס דרך הפרצות בגדר. רווחים אלה הושיעו את מכבי בסופו של דבר מהמשבר הכלכלי בתום אותה עונה שהייתה מעולה, מקצועית ופיננסית.

עונת 1969 זכורה כמופלאה בזכות זכייתה ההיסטורית של מכבי בגביע אסיה לאלופות. הדרך לגביע היוקרתי הייתה ארוכה ומפותלת. ניצחון 2:3 מול אלופת יפן, תיקו אפס מול אלופת איראן, וצמד הצגות מול אלופת הונג-קונג (0:5) ומול אלופת הודו (1:6), הציבו את מכבי בגמר גביע אסיה מול אלופת דרום קוריאה.

בסיום הגמר, שהיה נוקשה ואגרסיבי, הפגינו שחקני מכבי נחישות והקרבה יוצאי דופן, וזכו בניצחון 0:1 ובגביע אסיה. גיורא שפיגל היה המצטיין בטורניר. מכבי החזיקה בגביע זה מעשית רק עד החזרה לארץ. בנמל התעופה הסתערו על השחקנים אלפי אוהדים נלהבים, ושברו את הגביע לשניים. בליגה הלאומית, שנכנסה באותה עונה לעידן הכדורגל המקצועני, הפסידה מכבי את הכתר להפועל, שהובילה עליה בסיום העונה בהפרש של נקודה.

שנות ה-70

עונת הכדורגל 70` השכיחה סופית את העשור הקשה שליווה את מכבי עד 68`. המאבק על האליפות התנהל, כמו בימים הטובים והרחוקים, מול היריבה העירונית, הפועל ת"א. משחק העונה הראשון היה גם הדרבי הראשון של העונה, שריכז סביבו עניין רב. בתצוגה מדהימה הביסה מכבי את היריבה המושבעת, ,0:5 והשיגה את הניצחון הגבוה ביותר בתולדות הדרבי. בסיום העונה חגגה מכבי את הזכייה באליפות, הודות להפרש שערים עדיף עך הפועל (30 זכות לעומת 27 זכות). בגביע זכתה מכבי בגמר לאחר ניצחון 1:2 על ה"סינדרלה" של אותן שנים, מכבי נתניה, בהדרכתו של מוטל`ה שפיגלר.

כאלופת המדינה בשנת 1970 ייצגה מכבי ת"א בשנית את ישראל בטורניר גביע אסיה. בחורף 1971 רשמה מכבי זכייה שנייה בטורניר, ועשתה זאת בקלות רבה יותר מאשר בזכייתה הראשונה. תוך שהם מפגינים תצוגות כדורגל מרשימות, ניצחו הצהובים בכל אחד ממשחקיהם בטורניר. זה החל בניצחון, 0:1, על אלופת מלזיה, נמשך עם ניצחון ברבע הגמר על אלופת הודו 1:4, והסתיים בניצחון קל על אלופת דרום קוריאה 0:2 משערים של: בר-נור וג`רבי. עצם ההעפלה למשחק הגמר הבטיחה למכבי את הגביע, זאת הודות להיעדרות הפגנתית של אלופת עיראק, קבוצת משטרת בגדאד, ממשחק הגמר, בשל סיבות פוליטיות.

עונת 72` סימנה את עלייתו של כוח חדש בכדורגל הישראלי: בית"ר ירושלים. בית"ר, שעד אז ידעה בלאומית בעיקר קרבות תחתית והישרדות, רדפה אחרי מכבי במשך כל העונה, אך לבסוף הסתפקה בסגנות. מכבי ת"א של אותה עונה כללה חבורת צעירים רעבים כדרור בר-נור וירון עוז, בשילוב עם כוכבים מנוסים יותר כגיורא שפיגל וצבי רוזן. אוסף כישרונות זה סחף את מכבי ת"א לעונה מרשימה במיוחד, בה השיגה 45 נקודות מתוך 60 אפשריות, בדרך לתואר האליפות ה-14 שלה.

בפתיחת עונת 73` הייתה מכבי לקבוצה הישראלית הראשונה שהנהיגה את שיטת תשלום הפרמיות החדשה, שהתבססה על ניצחונות והישגים אישיים. השחקנים, כך הסתבר, לא דורבנו די מהשיטה החדשה, והציגו עונה די בינונית עם סיום במקום הרביעי והדחה בשלב מוקדם מהגביע. גיורא שפיגל, כוכב הקבוצה, ביקש לצאת ולשחק בשטרסבורג הצרפתית, ונכנס להסגר בינלאומי ערב משחק הדרבי במחזור הרביעי. זאת במחאה על הקשיים שהטילה עליו הנהלת מכבי, בניסיון למנוע ממנו לצאת ולשחק באירופה. בסיום העונה נכנעה הנהלת מכבי וגיורא שפיגל יצא לקריירה אירופית חדשה בשטרסבורג.

עונת 76 הסתיימה בדרמה של ממש, כשערב המחזור האחרון של העונה נאבקו לא פחות מתשע קבוצות על הזכות להשאר בליגה. ביניהן: מכבי ת"א, הפועל ת"א, מכבי חיפה והפועל פ"ת. רק אחת מהן הייתה אמורה להצטרף לשלושת היורדות האחרות, שנקבעו עוד קודם לכן. מכבי הייתה במצב מסובך וקשה, ויש לזכור ששחקניה באותה תקופה לא היו מנוסים כלל במאבקי תחתית.

כדי להבטיח את הישארותה, נדרשה מכבי לנצח בביתה את הטוענת לכתר באותה עונה, בית"ר ירושלים. ניצחון של בית"ר והפסד של יריבתה למרוץ, הפועל ב"ש, היו מזכים את הבית"רים באליפות היסטורית. אך למכבי היו דאגות משלה. הניצחון החשוב, 0:2, הציב אותה במקום השביעי עם תום העונה, כשהיא מקדימה את כל יריבותיה לתחתית. היורדת הייתה הפועל פ"ת שנפרדה מהליגה הלאומית לאחר 35 שנה.

גמר הגביע באותה עונה הפגיש בשנית את מכבי ובית"ר. והזעם של הירושלמים על אבדן האליפות התחלף בתום משחק הגמר, בשמחה על זכייתם ההיסטורית בגביע ראשון. בדקה ה-114 עמדה התוצאה על שיויון אחת, אך אורי מלמיליאן, גדול המסובבים, הכניע בדקה זו את שוער מכבי בבעיטת עונשין, שהכריעה את המשחק לטובת בית"ר. קורבן העונה שהסתיימה בלי תארים ועם הסתבכות בתחתית, היה דווקא יו"ר הקבוצה דאז, ג`רי בית הלוי. מי ששירת 50 שנה במועדון כשחקן, מאמן ויו"ר אולץ לפרוש ממכבי ת"א ובדיעבד מפעילות ספורטיבית בכלל, בתום אותה עונה.

באפריל אותה שנה הגיעה קווינס פארק ריינג`רס, מוליכת הליגה האנגלית, למשחק ידידות בבלומפילד מול מכבי ת"א. מכבי, מתוגברת בשלושת כוכבי הליגה: שפיגלר, מכנס ומלמיליאן, ניצחה 1:2 משערים של מלמיליאן ושפיגלר.

1977 תיזכר לעד כעונה גדולה עבור מכבי תל אביב, ולא רק בגלל גביע אירופה הראשון בכדורסל. בכדורגל, אירופה עדיין הייתה רחוקה, אבל בליגה כמעט לא היו למכבי מתחרים בדרכה לתואר האליפות ה-15 שלה. הדאבל השישי בתולדות המועדון הובטח לאחר ניצחון בגמר הגביע על בית"ר ת"א משער של בני טבק, הכדורגלן המצטיין של העונה. החלוץ שחבר לבני טבק בחוד אותה עונה היה ויקי פרץ, שסיים את הליגה, כמלך השערים, כשלרשותו 17 כיבושים. הדאבל של 77` היה התואר הראשון שזכו בו דור השחקנים החדש של הקבוצה ללא גיורא שפיגל, שמנטישתו לצרפת ועד אותה עונה התקשו למצוא לו בקבוצה מחליפים ראויים.

1978 לא הניבה כל תואר למכבי ת"א, לאחר שאלה נקטפו כולם בידי מכבי נתניה. בליגה סיימה הקבוצה במקום השלישי, מרחק 6 נקודות מהפסגה, ובגביע נשרה בשלב שמינית הגמר, לאחר הפסדה למכבי פ"ת. הצהובים התנחמו במשחק ידידות מרהיב, שקיימו נגד אלופת אירופה באותה שנה, קבוצת אנדרלכט מבלגיה. מכבי השיגה ניצחון מרשים במשחק 1:2, לעיני 20 אלף צופים בבלומפילד.

עונת 1978-1979 הייתה אחת העונות הגדולות שידע המועדון. גיורא שפיגל חזר מצרפת לאחר חמש שנות גלות, ויחד עם צוות צעיר ואמביציוזי הציגו עונה מרשימה, שחתמה את תקופת סוף שנות ה-70, שתיזכר כאחת היפות בתולדות המועדון (אולי בשל שנות השפל הארוכות שבאו בעקבותיה). מנו שוורץ, מיקו בלו, אבי כהן, אבי ירושלמי, יהודה קצב, יהודה גרגיר, אורי סלימן, ירון עוז, בני טבק, מושיק שוויצר, ויקי פרץ, וכמובן גיורא שפיגל, אלו השמות החתומים על אותה תקופה נפלאה. על הקווים עמד ניסים בכר, מי שגדל בקבוצת הנוער של הקבוצה, והפך לימים לקפטן קבוצת הבוגרים ואחד מכוכביה הבולטים בשנות ה-60.

מכבי רדפה אחרי בית"ר במרבית שלבי העונה ונראה היה שהיא הולכת לסגנות בטוחה, אבל במחזור ה-26 חל המהפך. מכבי, באחת ההתקפות הבודדות שלה באותו משחק, ניצחה בימק"א 0:1, משער של בני טבק. שער שלמעשה הכריע את גורל האליפות באותה עונה. בגמר הגביע השיגה בית"ר חצי נקמה כשניצחה את מכבי 2:1.

* באותה עונה זכור במיוחד שער הוולה האדיר של אבי כהן ("המטאטא"), שער המילניום האמיתי, שהעניק למכבי ניצחון 0:2 בדרבי גשום וזכור במיוחד. השער המופלא הצליח לעורר עניין גם באנגליה הרחוקה. שבועיים לאחר הדרבי ביקר בבלומפילד מגלה כשרונות של ליברפול. מספר ימים לאחר מכן הפך אבי כהן לנציג הראשון של מכבי ת"א והכדורגל הישראלי בליגה האנגלית. כהן גם נבחר בתום העונה לכדורגלן המצטיין, והספיק עוד להבקיע שער אליפות במשחק ההכרעה במחזור האחרון של העונה, בו ניצחה מכבי 0:2 את הפועל חיפה. לקראת עזיבתו נערך באצטדיון רמת-גן משחק ידידות בין כוכבי הליגה הישראלית לליברפול, שהיה אחד המרתקים שנראו בארץ והסתיים בתיקו 3:3, כאשר אבי כהן משחק מחצית בכל קבוצה.

שנות ה-80

שנות ה-80 היו האפורות של המועדון, בלשון המעטה. ב-1981 פתחה מכבי ת"א את הליגה בסערה, אולם באליפות זכתה היריבה העירונית. זכור במיוחד משחק הליגה הראשון לעונה זו, בימק"א. אורי מלמיליאן העלה את בית"ר י-ם ליתרון 0:1, אולם משה כהן, הירושלמי, השווה בשער עצמי. בדקה ה-75 הבקיעה בית"ר שער. הירושלמים חגגו ולא הבחינו שהשער נפסל ומכבי המשיכה לשחק. מוטי איוניר הבקיע ומכבי ניצחה 1:2. הקהל השתולל וניסה לפגוע בשחקני מכבי ובשופטים. ב-1983 מכבי הפסידה את גביע המדינה להפועל ת"א בגלל שער לא חוקי שהבקיע חלוץ הפועל, גילי לנדאו, בעזרת היד.

ב-1987 מכבי ת"א מנעה מאלופת העונה, בית"ר ירושלים, דאבל היסטורי לאחר שהדיחה אותה בחצי גמר הגביע. בגמר הציגו מכבי ת"א ומכבי חיפה את אחד המשחקים המרתקים בתולדות הגביע. 120 הדקות הסתיימו ב- 3:3 משני שערים של אלי דריקס ומשער של גריאני. בדו-קרב בעיטות מ-11 ניצחו הצהובים משער של בני טבק וזכו בגביע.

ב- 1988 מנעה מכבי תל אביב דאבל נוסף, הפעם מיריבה העירונית. הפועל עלתה ליתרון 0:1 משער של מיקי בן שטרית, ששיחק בעבר במכבי, אולם בניגוד לציפיות מכבי חוללה מהפך. מיקי כהן הישווה עוד במחצית הראשונה, בשער מרהיב מ-30 מטרים, ובני טבק, ביום הולדתו ה- 32, קבע את תוצאת המשחק עם שער במחצית השנייה, 1:2 למכבי.

בקיץ 1989 עברו שני הסמלים הגדולים של בית"ר ירושלים: אורי מלמיליאן ואבי כהן למכבי, ואילו החלוץ הבינלאומי בני טבק בן ה-33, החליט לעזוב את המועדון, ולהצטרף למכבי פ"ת מהליגה הארצית. טבק השתתף במשך 17 עונות ב-365 משחקים, כבש 118 שערים וזכה בשתי אליפויות ובשלושה גביעים. מכבי סיימה את אותה עונה במקום הרביעי תחת שרביטו של המאמן ניסים בכר.

שנות ה-90

בקיץ 1991 חל מהפך בקבוצה. המאמן הפתח תקוואי, אברהם גרנט, הגיע למכבי לאחר 3 סגנויות רצופות עם הפועל פ"ת. גרנט הביא עימו את עוזרו עמנואל אופיר ז"ל ומכבי רכשה שני שחקנים זרים חדשים מרוסיה: השוער הבינלאומי, אלכסנדר אובארוב, מדינמו מוסקבה, והבלם, אלכסנדר פולוקארוב. באותה עונה החלה גם הפריצה של נער צעיר ורזה, אבי נימני בן ה-18, שלבש אז את החולצה מס' 16 היות ואורי מלמיליאן לבש את הספרה 8 שהייתה כל כך מזוהה עימו בקריירה. מכבי פתחה את העונה עם הפסד צורב לבית"ר ת"א 3:2 לאחר שספגה את כל השערים בדקות האחרונות.

למרות הפתיחה הצולעת, הגיעה מכבי לדרבי הגדול של תל אביב מהמקום השלישי בעוד שהפועל הוליכה את הטבלה. לקראת סיום המחצית הראשונה כבשה מכבי שני שערים (עצמי של דוד הרשליקוביץ' ושער נהדר של נמני הצעיר) ובמחצית השנייה הוסיף המחליף אלי דריקס צמד בדרך ל-0:4 ענק של מכבי שהעלה אותה למקום הראשון ממנו לא ירדה עד לסיום העונה. זו הייתה תחילתה של תקופה נהדרת למועדון. במשך 5 שנים ברציפות לא ירדה מכבי מתחת למקום השני. ב-1993 סיימה כסגנית לבית"ר ירושלים וב-1994 סיימה כסגנית למכבי חיפה, וזאת למרות פתיחה מוחצת של 11 ניצחונות רצופים. מכבי התנחמה באותה עונה בזכייה בגביע לאחר ניצחון 0:2 על הפועל ת"א משערים של איציק וזהר וניר קלינגר.

את עונת 1994-1995 פתחה מכבי בצליעה והפסידה 3 משחקים מתוך 9, ביניהם הפסד צורב 4:2 בדרבי באצטדיון ר"ג לאחר שליטה בלעדית בעיר אותן שנים והפסד לעולה החדשה הפועל בית שאן. את מכבי עזב בתחילת העונה אחד מכוכביה הגדולים איציק זוהר לטובת אנטוורפן הבלגית. מכבי חיפה סומנה כמועמדת הברורה לזכייה באליפות בעוד שמכבי צמצמה פערים ודלקה אחרי חיפה במשך העונה. השתיים הגיעו צמודות עד לישורת האחרונה ובמחזור האחרון יצאה מכבי למשחק גורלי בבאר שבע בעוד שחיפה אירחה את הפועל בית שאן שניסתה לשרוד בליגה. שער נגיחה בדקה ה-44 של אלון ברומר מהגבהה של ניר קלינגר הביא למכבי את הניצחון המיוחל ונתן את האות לחגיגות האליפות.

לאחר הזכייה באליפות, עזב גרנט את המועדון לטובת הפועל חיפה ולעמדת המאמן נקרא דרור קשטן. באותה עונה לקחה על עצמה קבוצת "מופת", בראשות אנשי העסקים: רוני קליימן, מאיר שמיר, דייויד פדרמן, יולי עופר, מוזי ורטהיים, עופר נמרודי, שלום זינגר ולוני הרציקוביץ', את השליטה במועדון. בתחילת העונה פספסה מכבי הזדמנות להעפיל לליגת האלופות לאחר הפסד ביתי 1:0 לגראסהופרס השוויצרית. איציק זוהר חזר לקבוצה שנשענה על מרבית הסגל שהוליך אותה להישגים בשנים האחרונות –אובארוב, האחים ברומר, האחים נחמן, אמיר שלח, נועם שוהם, אלי דריקס, ניר קלינגר וכמובן אבי נימני.

למרות שבמחזור הרביעי יצאה מכבי בשן ועין ממשחק חוץ בקרית אליעזר מול הפועל חיפה בו שבר אלון ברומר את רגלו והקבוצה ספגה 3 כרטיסים אדומים והפסד 3:0, מכבי הפגינה באותה עונה את הכדורגל הטוב ביותר שנראה מקבוצת כדורגל בישראל. הגנת ברזל ויכולת שיא של אחד השוערים הטובים בישראל בכל הזמנים שורה אובארוב שספג 16 שערים בלבד בכל העונה והתקפת מחץ בראשות נמני, זוהר, דריקס וקשנצב הביאו למכבי דאבל מרשים תוך כדי תצוגות מרשימות. בגמר הגביע סגרה מכבי עניין מול עירוני ראשל"צ כבר במחצית הראשונה בדרך לניצחון 1:4.

ב-1997 התפרקה קבוצת הניהול "מופת", והותירה את השליטה בידיו של לוני הרציקוביץ', בעליה של קבוצת "ישפאר". הרציקוביץ' החזיר את אברהם גרנט לעמדת המאמן, והקבוצה פספסה צ'אנס נוסף להעפיל לליגת האלופות לאחר הפסד 2:1 בסיכום לפנרבחצ'ה הטורקית. בנוסף, הפסידה מכבי בגמר הגביע 1:0 להפועל באר שבע. עונה לאחר מכן הפסידה בגמר גביע הטוטו לבית"ר ירושלים אך נקמה באותה בית"ר באותו גמר שנה לאחר מכן (1999). באותה עונה כיכב במכבי החלוץ הפולני אנדז'יי קוביקה שסיים כמלך השערים עם 21 בסה"כ. מכבי סיימה כסגנית לאלופה הפועל חיפה.

שנות ה-2000

בקיץ 2000 הגיע לקבוצה שלמה שרף והביא עימו כוכבים רבים ביניהם טל בנין שחזר מאיטליה והחלוץ הבוסני מהו קודרו ששיחק בעבר בברצלונה. לאחר עזיבתו של שרף בשלב מוקדם של העונה, נכנס במחזור החמישי ניר לוין לעמדת המאמן ולאחר סיבוב ראשון חלש שבגינו מכבי לא יכלה להדביק את הפער מהאלופה שבדרך מכבי חיפה,ייצב לוין את הקבוצה שהציגה כדורגל אטרקטיבי במיוחד וכבשה שערים רבים. מכבי הביסה ללא רחמים את עירוני ראשל"צ 1:10, את בית"ר ירושלים 0:7, את הפועל חיפה 0:4 ורשמה ניצחונות מרשימים בגביע המדינה 0:2 בחצי הגמר מול הפועל ת"א ו-0:3 בגמר מול מכבי פתח תקווה משערים של רודריגו גולדברג, אלי ביטון ואבי נימני.

עונה לאחר מכן שחזרה מכבי את הזכייה בגביע המדינה לאחר ניצחון בפנדלים על האלופה מכבי חיפה. היה זה ג'ובאני רוסו שהחטיא את הפנדל החמישי של חיפה בעוד שנמני כבש בעצמו והבטיח את הניצחון וגביע שני ברציפות. בקיץ 2002 הגיע ניר קלינגר לעמדת המאמן הראשי לאחר שאימן בבית"ר באר שבע מהלאומית. קלינגר החזיר לקבוצה את "המכביזם" שכל כך חסר לה ואפיין אותו כשחקן בשנות ה-90. מכבי הגיעה למחזור האחרון כשהיא חייבת לנצח בהפרש של שני שערים לפחות את הפועל פתח תקווה בעוד שבמקביל נאבקו עמה מכבי חיפה והפועל תל אביב על התואר. אם למישהו היה ספק שלמכבי הקהל הגדול בישראל, היה זה אותו יום באצטדיון ר"ג שהוכיח זאת באופן ברור. 42 אלף אוהדי מכבי הגיעו לתמוך בקבוצה שהתקשתה במחצית הראשונה להבקיע ובמקביל נאלצה לשמוע על חגיגת שערים של מכבי חיפה באשדוד. תואר האליפות נראה מתרחק ממכבי אך שער בפתיחת המחצית השנייה של הלטבי אנדראס פרוחננקובס החזיר את הצבע ללחיים של אלפי האוהדים. בהמשך שער נהדר של ראובן עובד הכפיל את התוצאה ולקינוח כבש, איך לא, אבי נימני את השער השלישי ומכבי חגגה את האליפות הראשונה והאחרונה שלה בעשור זה.

עונה לאחר מכן סיימה מכבי במקום השני אך זכתה להשתתף במוקדמות ליגת האלופות שנערכו בעונת 2004-2005. ניצחון 0:1 על הלסינקי הבטיח עלייה לשלב הבא בו הייתה צריכה מכבי לעבור משוכה לא פשוטה בדמות פאוק סלוניקי. מכבי הגיעה למשחק הראשון ביוון והדהימה עם שני שערים בפתיחה של ישמעאל אדו וארז מסיקה. בסיום אף נהנתה מכבי מניצחון טכני 0:3 לאחר שפאוק שיתפה שחקן שלא כחוק. בגומלין בבלומפילד הבטיח לירן כהן ניצחון 0:1 ועלייה היסטורית לליגת האלופות מכבי הוגרלה לבית הקשה ביותר שיכל להיות - אימפריות ענק כגון יובנטוס, באיירן מינכן ואייאקס המתינו לצהובים כאשר באיירן הייתה הראשונה לבקר בר"ג ולחזור עם ניצחון דחוק 1:0 מפנדל של רוי מקאי. בהמשך הפסידה מכבי בדלה אלפי בטורינו 1:0 והובסה 3:0 באמסטרדם ארינה של אייאקס ו-5:1 במינכן. בתווך עשתה מכבי עוד היסטוריה לאחר ניצחון נהדר באצטדיון ר"ג על אייאקס 1:2. במחזור האחרון רשמה מכבי תוצאה מכובדת למדי כשסיימה ב-1:1 ביתי מול יובנטוס לה כבש דל פיירו. את כל ארבעת השערים שכבשה מכבי בשלב הבתים כבש ברוך דגו.

בעונות הבאות ניסתה מכבי לחזור להתמודדות על התואר ובקבוצה שיחקו בין היתר כוכבים רבים כגון אייל ברקוביץ', ג'ובאני רוסו, בלסינג קאקו, ז'וזה דוארטה, אלן מסודי ורבים אחרים, אך הקבוצה התקשתה לשחזר את ימיה הגדולים. בעונת 2006-2007 רשמה הקבוצה רצף של 20 משחקים ללא הפסד תחת המאמן אלי כהן וסיימה בתום אותה עונה במקום השלישי.

פתיחת עונת 2008-2009 סימלה את סיומו של עידן במכבי. לוני הרציקוביץ', שהחזיק בבעלות על המועדון משך יותר מעשור, מכר את הקבוצה לאיש העסקים הקנדי, אלכס שניידר. על אף השקעת שיא מצד הבעלים החדש (70 מיליון ש"ח) לא הצליחה מכבי להתברג בצמרת, וסיימה את העונה מקום השישי. נחמה קטנה הגיעה בדמות הזכיה בגביע הטוטו לאחר ניצחון 0:1 על מ.ס אשדוד משער של יוסי שיבחון. היה זה התואר הראשון של אבי נימני כמאמן הקבוצה.